文件目录操作

ls (LiSt)

1. ls 显示当前目录下子目录和文件名
2. ls –l 显示当前目录下子目录和文件名详细信息，包括属性、权限、大小和创建日期等
3. ls *.FAST 显示当前目录下所有以.FASTA结尾的文件
4. ls HBA/HBA_* 显示子目录HBA下所有以HBA_起始的文件
5. ls /tmp 显示系统/tmp目录所有子目录和文件
6. ls –l 逐级显示当前目录下所有子目录和文件详细信息
7. ls –a ~/ 显示用户根目录下以句点起始的隐藏目录和隐藏文件

mkdir (MaKe DIRectory)

1. mkdir 0304 在当前目录下创建0304子目录
2. mkdir 1st 在当前目录下创建1st子目录
3. mkdir 1st/HBA 在子目录1st下创建二级子目录HBA
4. mkdir –p seq/HBA 在当前目录下创建seq子目录，并在子目录seq下创建二级子目录HBA
5. mkdir –p ../a/b/c 在上级目录下创建目录a，在目录a下创建子目录b，在子目 录b下创建子目录c

cd (Change Directory)

1. cd 0396 进入0306子目录
2. cd /tmp/leb 进入系统临时目录/tmp下leb子目录
3. cd 回到用户根目录
4. cd 0306/HBA 直接进入子目录0306下的二级子目录HBA
5. cd .. 返回上级目录
6. cd - 返回进入本目录前的目录

cp (CoPy)

1. cp /tmp/leb/tables/table1.txt . 将系统/tmp/leb/tables/文件夹下table1.txt复制到当前文件夹
2. cp /tmp/leb/tables/table* . 将系统/tmp/leb/tables/文件夹下所有以table命名的文件复制到当前文件夹
3. cp -r /tmp/leb/tables/ . 将系统/tmp/leb/tables/文件夹及其所有文件复制到当前文件夹
4. cp cat1 cat2 将文件cat1复制到文件cat2中
5. cp cat1 cat2 将文件cat1复制到文件cat2中
6. cp -i cat1 cat2 将文件cat1复制到文件cat2中，若cat2已存在，系统显示是否覆盖提示信息，回答y则覆盖，回答n则操作无效
7. cp *.FASTA ../keep/ 将当前目录下后缀为.FASTA的文件复制到上级目录的keep子目录中
8. cp ../seq/HSHBA_cds.FASTA 将上级目录seq子目录中文件HSHBA_CDS.FASTA复制到当前目录中
9. cp /rd1/home/public/HBA/209HBA.FASTA . 将/rd1/home/public/HBA/目录中209HBA.FASTA复制到当前目录

mv

1. mv cat1 ca2 将文件cat1改名为cat2
2. mv –i cat1 cat2 将文件cat1改名为cat2，若cat2已存在，系统显示是否覆盖提示信息，回答y则覆盖，回答n则操作无效
3. mv *.neele ../keep/ 将当前目录下后缀为.needle的文件移动到上级目录的keep子目录中
4. mv HBA_HUMAN.FASTA align/HBA/ 将HBA_HUMAN.FASTA移到子目录align下的子目录HBA中

rm (ReMove)

1. rm cat1 删除文件cat1
2. rm cat? 删除以cat起始且cat后仅含1个字符的文件，如cat1, cat2，不删除cat1a
3. rm –i cat* 删除以cat起始的文件，每删除一个文件，系统提示是否确认删除，回答y确认，回答n操作无效M
4. rm –ri temp/* 删除当前目录下子目录temp及该子目录每删除一个文件，系统提示是否确认删除，回答y确认，回答n操作无效

ln (LiNk)

1. ln HBA_HUMAN.FASTA P69905.FASTA 建立HBA_HUMAN.FASTA的链接P69905.FASTA
2. ln –s Xshell-6.0.0189p.exe xs.exe 建立Xshell-6.0.0189p.exe的软链接xs.exe，相当于为Xshell-6.0.0189p.exe设置快捷方式xs.exe
3. ln –s ../liu-y_thesis.pdf . 建立上级目录中liu-y_thesis.pdf的软链接

file

1. file readme.txt 查看文件readme.txt的类型，通常readme及后缀为.txt的文件是文本文件，可以用cat, less等命令查看
2. file dottup.svg 查看dottup程序生成的序列比对点阵图文件
3. file ZMTF_PEP.FASTA.* 查看BLAST索引文件的类型，本地BLAST运行前，需要将FASTA格式的文本文件建立索引， 索引文件为二进制格式，无法用cat, less等命令查看