Linux-based Essential Bioinformatics

Linux生物信息技术基础
2026-05-26更新
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文本文件操作


cat命令

  1. cat >cat1 创建文本文件cat1
  2. cat cat1 显示文本文件cat1的内容
  3. cat >>cat1 在cat1末尾追加新的文本
  4. cat –n table1 显示文本文件table1的内容,并显示行号
  5. cat –A table2 显示文本文件table2的内容,包括制表键^I、行终止符$等控制符

less命令

  1. less 208hba.fasta逐屏显示FASTA格式序列文件208hba.fasta,回车进一行,空格进一页,q终止显示,斜杠(/)搜索字符串,n搜索下一个,N搜索上一个
  2. ls –lR | less 逐屏显示当前目录下所有子目录和文件详细信息
  3. ls -l /usr/local/bin | less 逐屏显示/usr/local/bin/下所有文件信息,可用斜杠搜索关键词,如needle

head命令

  1. head -n 3 table1 显示文件table1前3行
  2. head -n -3 table1 显示文件table1t除最后3行外的其它行
  3. head 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header中前10行
  4. head -n 20 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header前20行

tail命令

  1. tail -n -3 table2 显示文件table2最后3行
  2. tail -n +3 table2 从第3行开始显示文件table2中所有行
  3. tail 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header最后10行
  4. tail -n -20 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header最后20行

cut命令

  1. cut –c 3-6 table1 提取table1中第3-6个字符
  2. cut –d ‘ ‘ –f 1-2 table1 提取table中以空格符分割的第1-2个字段
  3. cut –f 2 table2 提取table2中第2个字段(以制表符分割)
  4. cut –f 1-2 table2 提取table2中第1-2个字段(以制表符分割)
  5. cut –f 1,3 table2 提取table2中第1和第3个字段(以制表符分割)

paste

  1. paste table1 table 逐行合并table1和table2
  2. paste table1 table2 >table1-2逐行合并table1和table2,保存到文件table1-2中
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