Linux-based Essential Bioinformatics
Linux生物信息技术基础
2026-05-26更新
文本文件操作
cat命令
- cat >cat1 创建文本文件cat1
- cat cat1 显示文本文件cat1的内容
- cat >>cat1 在cat1末尾追加新的文本
- cat –n table1 显示文本文件table1的内容,并显示行号
- cat –A table2 显示文本文件table2的内容,包括制表键^I、行终止符$等控制符
less命令
- less 208hba.fasta逐屏显示FASTA格式序列文件208hba.fasta,回车进一行,空格进一页,q终止显示,斜杠(/)搜索字符串,n搜索下一个,N搜索上一个
- ls –lR | less 逐屏显示当前目录下所有子目录和文件详细信息
- ls -l /usr/local/bin | less 逐屏显示/usr/local/bin/下所有文件信息,可用斜杠搜索关键词,如needle
head命令
- head -n 3 table1 显示文件table1前3行
- head -n -3 table1 显示文件table1t除最后3行外的其它行
- head 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header中前10行
- head -n 20 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header前20行
tail命令
- tail -n -3 table2 显示文件table2最后3行
- tail -n +3 table2 从第3行开始显示文件table2中所有行
- tail 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header最后10行
- tail -n -20 208hba.header 显示FAST格式序列文件注释行头文件208hba.header最后20行
cut命令
- cut –c 3-6 table1 提取table1中第3-6个字符
- cut –d ‘ ‘ –f 1-2 table1 提取table中以空格符分割的第1-2个字段
- cut –f 2 table2 提取table2中第2个字段(以制表符分割)
- cut –f 1-2 table2 提取table2中第1-2个字段(以制表符分割)
- cut –f 1,3 table2 提取table2中第1和第3个字段(以制表符分割)
paste
- paste table1 table 逐行合并table1和table2
- paste table1 table2 >table1-2逐行合并table1和table2,保存到文件table1-2中