EMBOSS课堂练习

双序列比对算法和参数

1. 双序列全局比对Needleman-Wunsch算法： Wiki专栏
2. 双序列全局比对Needleman-Wunsch算法： 知乎专栏
3. 双序列全局比对Needleman-Wunsch算法： EMBOSS官网帮助文档
4. 双序列局部比对Smith-Waterman算法： Wiki专栏
5. 双序列局部比对Smith-Waterman算法： 知乎专栏
6. 双序列局部比对Smith-Waterman算法： EMBOSS官网帮助文档

双序列比对程序网站

1. 中国国家生物信息中心： CNCB Needle
2. 中国国家生物信息中心： CNCB Water
3. 欧洲生物信息学研究所： EBI Needle
4. 欧洲生物信息学研究所： EBI Water
5. 美国国家生物技术信息中心： NCBI BLAST

数据准备

1. 在用户家目录下创建子目录emboss
2. 进入子目录emboss
3. 在子目录emboss下创建二级子目录input和output
4. 复制服务器公共目录下数据文件到用户二级子目录input中
   cp /rd1/leb26/data/EMBOSS/input/* input
5. 查看input子目录中所有FASTA序列文件并统计文件数
   ls -1 input/*.FASTA | wc
6. 查看input子目录中所有GenBank格式文件并统计文件数
   ls -1 input/*.GB | wc

交互式双序列全局比对

1. 教学服务器EMBOSS软件包Needle程序交互式运行方法：
   cp input/HBA_HUMAN.FASTA .
   cp input/HBA_MOUSE.FASTA .
   cp input/HBA_RAT.FASTA .
   needle
   输入人alpha血红蛋白HBA_HUMAN.FASTA
   输入小鼠alpha血红蛋白HBA_MOUSE.FASTA
   起始空位罚分采用默认值10.0
   延申空位罚分采用默认值0.5
   比对结果保存到文件名human-mouse.needle中
2. 按上述方法比对大鼠alpha血红蛋白HBA_RAT.FASTA和小鼠alpha血红蛋白HBA_MOUSE.FASTA，保存到rat-mouse.needle中
3. 阅读参考文献 ABC教学实例， 下载三个物种alpha血红蛋白编码区CDS序列，进行全局比对，分析比对结果。
4. 将上述分析思路用于相关课题

参数式双序列局部比对

1. 教学服务器EMBOSS软件包Water程序命令行运行方法：
   cp input/CEA*.FASTA .
   water CEAM3_HUMAN.FASTA CEAM4_HUMAN.FASTA -gapo=10 -gape=0.5 -out=CEA3-CEA4.water
   water CEAM3_HUMAN.FASTA CEAM5_HUMAN.FASTA -gapo=10 -gape=0.5 -out=CEA3-CEA5.water
   water CEAM4_HUMAN.FASTA CEAM5_HUMAN.FASTA -gapo=10 -gape=0.5 -out=CEA4-CEA5.water
   
2. 从UniProt蛋白质序列数据库下载课题相关序列，利用上述网络版和命令行进行局部比对，比较不同方法的优缺点