BLAST课堂练习

数据准备

1. 输入数据：复制教学服务器公共目录下数据
   mkdir ~/blast
   cd blast
   mkdir data
   cp /rd1/home/public/BLAST/BLAST_DATA/* ./data
   ls -1 ./data | wc
   结果显示15
2. 转录因子数据集合：复制教学服务器公共目录下玉米转录因子数据集
   cp /rd1/home/public/BLAST/BLAST_DB/ZMTF_CDS.FASTA ./db
   cp /rd1/home/public/BLAST/BLAST_DB/ZMTF_PEP.FASTA ./db
   

练习1：人的血红蛋白alpha和beta亚基比对

1. 进入用户家目录下blast工作目录
   cd ~/blast
2. 复制输入数据
   cp ./data/HBA_HUMAN.FASTA .
   cp ./data/HBB_HUMAN.FASTA .
   
3. 运行程序blastp
   blastp -query HBA_HUMAN.FASTA -subject HBB_HUMAN.FASTA -out hba-hbb.out
4. 查看结果
   less hba-hbb.out
   分值114, 期望值2e-38，相同位点43%，相似位点61%，空位三处6%

练习2：拟南芥和水稻SPL转录因子比较

1. 在blast工作目录下，复制输入数据
   cp ./data/17SPL_ARATH.FASTA .
   cp ./data/19SPL_ORYSJ.FASTA .
   
2. 运行程序
   blastp -query 17SPL_ARATH.FASTA -subject 19SPL_ORYSJ.FASTA -out spl.out -outfmt 7
3. 查看结果，找出拟南芥17个SPL和水稻19个SPL转录因子中的同源基因，其中SPL7_ARATH与SPL9_ORYSJ为直系同源基因

练习3：构建数据库构建索引文件并进行搜索

• 在blast工作目录下，复制输入数据
  cp ./db/ZMTF_CDS.FASTA .
  cp ./db/ZMTF_PEP.FASTA .
  
• 构建数据库索引文件
  makeblastdb -in ZMTF_CDS.FASTA -dbtype nucl
  makeblastdb -in ZMTF_PEP.FASTA -dbtype prot
  
• 数据库搜索
1. 蛋白质序列搜索蛋白质序列数据库
   blastp -query AtSPL3_PEP.FASTA -db ZMTF_PEP.FASTA -evalue 0.1 -out blastp
2. 核酸序列搜索核酸序列数据库
   blastn -query AtSPL3_CDS.FASTA -db ZMTF_CDS.FASTA -evalue 0.1 -out blastn
3. 核酸序列搜索蛋白质序列数据库
   blastx -query AtSPL3_CDS.FASTA -db ZMTF_PEP.FASTA -evalue 0.1 -out blastx
4. 蛋白质序列搜索核酸序列数据库
   tblastn -query AtSPL3_PEP.FASTA -db ZMTF_CDS.FASTA -evalue 0.1 -out tblastn
• 结果分析：blastp可以搜索到4个序列，而blastn搜索不到，blastx和tblastn结果与blastp相同