Linux-based Essential Bioinformatics

Linux生物信息技术基础
2026-05-26更新
本站主页 远程登录 教学大纲 教学计划 参考文档 网页制作 交流报告

网络数据库


基本方法

  1. 利用HTML和PHP网络编程技术,可以将MySQL数据库中的信息在网页上展示
  2. 可以利用VSCode等工具编写HTML和PHP代码
  3. 利用MobaXterm等工具,将上述代码上传到教学服务器家目录下本人账号子目录中,如g01a
  4. 在浏览器下查看所构建的数据库,如 G01A

实例 — 脊椎动物珠蛋白数据库VGDB

  1. 参阅MySQL实例,创建脊椎动物976个珠蛋白数据表
  2. 参阅本课程MySQL实例976个脊椎动物珠蛋白,修改数据表中错误信息 976Globin
  3. 补全该数据表中部分序列条目基因名
  4. 修改补全后的数据可从教学服务器公共目录复制/mysql/976globin.new
  5. 进入MySQL系统,删除原数据表976globin中所有数据,将修改后的新数据导入数据表976globin
  6. 检查新数据表中的数据是否准确,特别时猪(Pig)和小鼠(Rat)的数据
    SELECT * FROM 976globin WHERE ent LIKE "%_PIG";
    SELECT * FROM 976globin WHERE ent LIKE "%_RAT";
  7. 以976globin为例,构建基于浏览器的脊椎动物珠蛋白数据库: VGDB
ABC Bio PKU CNCB Linux WSL HTML CSS PHP VSCode Vim VimHelp MySQL UniProt EBI NCBI